越境ＥＣ関連の取引額が大きくなってくると、日本側で一時的に仕入支払額が大きくなり、日本側の資金繰りが厳しくなることがあります。資金繰りを改善するための１つの方法として、日本側の消費税還付を早め、資金繰りを改善する方法があります。
越境ＥＣで輸出した商品の仕入れにかかる消費税は免税です（消費税法 第7条、消費税法基本通達 第7章。）。そのため、還付申請を行うことにより、当該消費税は会社へ返ってきます。消費税はもともと日本国内で消費される取引を課税対象としており、日本外国で消費されるものには課税対象としないという会計税務の基本的な考えに基づくものです。
多くの会社では、消費税の還付申請を1年に1回としています。しかしながら、日本税務局へ届け出（届出書名：「消費税課税期間特例選択・変更届出書（第13号様式）」）を行うことで、毎月または4半期に1度還付申請ができるようになります。
還付処理期間については、課税対象期間後2か月以内に還付申請を行い、申請後実際に還付が行われるのは約3か月後です。例えば、年に1回の還付申請処理の場合、最大17か月（＝申告対象期間12か月＋申告書提出期間2か月＋還付処理期間3か月）の輸出した商品の仕入額にかかる消費税8％（2017年度からは10%に引き上げ予定）が、会社資金として使えないことになります。一方、毎月還付申告を行う場合、6か月（＝申告対象期間1か月＋申告書提出期間2か月＋還付処理期間3か月）まで、消費税関連資金が使えない時期を短くすることが可能になります。
なお、消費税還付申請回数を増やすことにより、会計税務処理が増えること、または会計士・税理士の顧問料が増えるなどのデメリットがございます。資金繰りが改善するというメリットと、消費時間・費用が増えるというデメリットを比較検討し、意思決定されることをお勧めします。
関連規定：消費税法 第7条 http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S63/S63HO108.html
消費税法基本通達（第7章 第2節「輸出免税等の範囲」）http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsut...
消費税課税期間特例選択・変更届出手続
