分公司は大きく2つに分類されます。
営業性分公司と非営業性分公司です。

営業性分公司は、営業活動を行うことができ、
領収書（発票）発行も行うことになりますので、
納税や売上認識も分公司で行うことになります。

非営業性分公司は、営業活動は行うことができません。
駐在員事務所のような位置づけで、あくまで本社のサポート業務のみ行うことができます。

会社の状況と会社形態を総括すると下記のとおりです。

①本社と全く異なる営業活動を行う場合
別会社設立。分公司の場合は、本社の営業範囲内に縛られるため。本社の営業範囲に書かれていないことはできない。

②本社が主体的な業務を行うが、分公司でも同じ営業範囲内で主体的に業務を行う場合
営業性分公司

③本社が主体的な業務で、分公司ではそのサポート業務の場合
非営業性分公司

実務上は、会社状況にかかわらず③を選択している企業が多いですが、法的リスクがあります。
また、営業性分公司の設立を勧められるケースもあり（登記地で税収がほしいため）、
登記場所によって若干運用状況が異なります。

さらに、営業性分公司の場合は、合算納税方式と分割納税方式の二種類があり、両登記場所の税務局の協議によって、納税方法が決まります（国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告）。

参考通達等
税务登记管理办法　第十条、第十四条
http://www.chinatax.gov.cn/n810341/n810755/c144599...

国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告
http://www.gov.cn/gongbao/content/2013/content_237...